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SUMMARY

Habitat fragmentation can have a dramatic effect on the landscape connectivity and the dispersal of animals, potentially reducing gene flow among populations. In this study, we assessed the influence of landscape connectivity in two French areas (the Sologne and the Landes) on gene flow in red deer, which is one of the most intensively managed game species in Europe. Principal managements consisted in translocations of individuals, which created artificial gene exchanges among populations. To identify environmental factors influencing red deer dispersal, we used landscape genetics approach combining geographical and genetic data. First, using clustering methods, we identify highways as a strong dispersal barrier to red deer. Then, in addition to Euclidean distance, we calculated several geographical distances between each pair of individuals which take into account environmental features (e.g. forest habitat, fences and roads). These distances were used as variables in linear mixed-effect model to explain inter-individual genetic distances. Analyses showed an effect of fences and forest habitat on genetic structure of red deer. These results suggest that red deer dispersal is influence by highways, fences and forest and hence that gene flow within red deer population is influenced by the landscape connectivity.

Résumé

La fragmentation de l’habitat peut avoir un effet dramatique sur la connectivité du paysage et sur la dispersion des individus, réduisant le flux de gènes entre populations. Dans cette étude, nous évaluons l’influence de la connectivité du paysage de deux régions françaises (la Sologne et les Landes) sur les flux de gènes du cerf, qui est une espèce gérée par l’homme pour la chasse. La gestion de ces populations consiste en des transferts d’individus, créant artificiellement des transferts de gènes entre populations. Pour identifier quels facteurs environnementaux influencent la dispersion du cerf, nous avons utilisé une approche de génétique du paysage, combinant des données génétiques et environnementales. Premièrement, en utilisant des méthodes de clustering, nous avons identifié les autoroutes comme barrière importante à la dispersion du cerf. Puis, en plus de la distance euclidienne, nous avons calculé des distances géographiques entre chaque paire d’individus en prenant en compte des traits environnementaux (forets, routes et clôtures). Ces distances sont utilisées comme variables dans des modèles linéaires à effets mixtes pour expliquer les distances génétiques entre paires d’individus. Ces analyses montrent un effet des clôtures et des forets sur la structure génétique du cerf. Nos résultats suggèrent que la dispersion du cerf est influencée par les autoroutes, les clôtures et l’habitat forestier, d’où le flux de gène dans une population de cerf est influencé par la connectivité du paysage.